Het ministerie van VWS heeft het CBOG in 2007 verzocht om kwaliteitsindicatoren te ontwikkelen voor de zorgopleidingen die uit het Opleidingsfonds worden gefinancierd. Het gaat hierbij om de medische en andere vervolgopleidingen opleidingen van toekomstige zorgverleners. Een goede kwaliteit van opleiding draagt uiteindelijk bij aan de kwaliteit van de zorgverlening aan patiënten. Het ministerie van VWS wil dat het CBOG activiteiten ten behoeve van het ontwikkelen van kwaliteitsindicatoren opzet, omdat mede vanwege de invoering van het Opleidingsfonds, het ministerie wenst dat er uiteindelijk wordt opgeleid in de opleidingsinrichtingen waar de hoogste kwaliteit wordt geboden tegen een redelijke prijs (VWS, brief aan CBOG op 12 februari 2007). Het CBOG heeft haar activiteiten vanwege de verschillen tussen de 1e tranche en 2e tranche zorgopleiding per tranche afzonderlijk opgezet. In 2007 is het CBOG begonnen met de ontwikkeling van de kwaliteitsindicatoren 1e tranche zorgopleidingen.
Begin 2009 concludeert de commissie Scherpbier in haar eindrapportage dat er geen eenvoudige en valide indicatoren beschikbaar zijn om extern de opleidingskwaliteit te meten in de 1e tranche en dat het kwaliteitssysteem beter nog niet gebruikt kan worden voor externe beoordeling. Veel verschillende factoren samen bepalen de kwaliteit van een opleiding.
Het rapport bevat een toolkit voor een kwaliteitszorgsysteem. Verder adviseert de commissie om een interne opleidings kwaliteitszorgsysteem te ontwikkelen dat zoveel mogelijk lijkt op het bestaande externe systeem ven erkenning en visitaties, zodat beide systemen elkaar kunnen versterken. Uit interne CBOG rapportages over kwaliteitsindicatoren blijkt dat de instrumenten uit de toolkit gebruikt worden voor het verbeteren van de kwaliteit van opleiden maar nog niet gebruikt worden bij de toewijzing.